
종근당의 올해 3분기 매출은 펙수클루·위고비 등 대형 도입 품목에 힘입어 확대될 것으로 보이나, 상품 원가율과 마케팅비 부담으로 영업이익률은 하락세를 나타낼 추세다. /이미지=생성형AI
이미지 확대보기[한국금융신문 정채윤 기자] 종근당이 올해 3분기 수익성 고민이 깊어질 전망이다. 매출은 펙수클루·위고비 등 대형 도입 품목에 힘입어 확대될 것으로 보이나, 상품 원가율과 마케팅비 부담으로 영업이익률은 하락세를 나타낼 추세다. 다만 영업활동현금흐름을 연구개발(R&D) 재투자로 연결하며 체질 개선을 도모하는 만큼, 향후 고마진 자사 제품 처방 회복과 노바티스 마일스톤 유입을 통한 내실 경영을 이뤄낼지 주목된다.
매출은 두 자릿수 성장, 영업이익률은 하락
7일 금융정보업체 에프앤가이드에 따르면 종근당의 올해 3분기 연결 기준 매출은 전년 동기 대비 13.2% 증가한 4864억 원으로 추정된다. 주력 의약품 유통망의 안정적 운용과 대형 코프로모션(공동판매) 품목들의 신규 매출 유입이 전체 덩치를 키운 주된 동력으로 풀이된다.
반면 내실 지표인 영업이익은 제자리걸음을 했다. 같은 기간 영업이익 전망치는 210억 원으로 전년 동기보다 0.06% 증가하는 데 그쳤다. 지난 2분기 영업이익이 한 해 전보다 10.2% 줄며 199억 원에 머물렀던 감소세는 일단락됐으나 매출 증가세에 비하면 내실 회복 속도가 현저히 더디다는 평가다. 영업이익률이 지난해 3분기 4.88%에서 올 3분기 4.32%로 0.56%포인트(p) 하락했다.
종근당의 외형 성장을 이끈 핵심 배경에는 과거 HK이노엔의 위식도역류질환 치료제 ‘케이캡’ 이탈에 대응해 실행한 대체 품목 총동원령이 자리잡고 있다. 종근당은 연간 1500억 원 규모에 달했던 케이캡 매출 공백을 메우기 위해 공격적인 코프로모션 및 신규 도입 품목 계약을 체결했다.
대웅제약의 P-CAB 신약 ‘펙수클루’ 공동판매를 시작으로 셀트리온제약 간장질환 치료제 ‘고덱스’, 노보노디스크 비만치료제 ‘위고비’, MSD 고지혈증 치료제 ‘아토젯’ 등 대형 라인업을 잇따라 확보했다. 이들 유통 상품이 3분기 시장에 대거 공급되면서 두 자릿수 매출 성장을 유지하는 데 성공했다.
그러나 외부에서 들여온 코프로모션 상품 중심 매출 구조는 수익성 압박과 함께 해외 확장성의 한계를 동시에 노출하고 있다. 직접 생산하는 자사 제품과 달리, 도입 품목은 높은 원가율과 수수료 구조로 마진율이 낮아 초기 마케팅 판촉비 부담이 더해질 경우 실질적인 이익 개선으로 이어지기 어렵다.
여기에 자체 개발 신약이나 원료의약품(API)을 통한 자체 수출 동력이 경쟁사 대비 약한 상황에서 수천억 원대 국내 매출을 올리는 주력 품목 대부분이 해외 판권이 없는 타사 제품이라는 점도 글로벌 시장 진출을 제약하는 구조적 약점으로 지적된다.
위고비가 번 현금, R&D로 선순환
도입 품목 중심의 외형 확대가 수익성 면에서는 단기적 부담을 안겼지만 중장기 선순환의 발판을 마련했다는 점은 긍정적 요소다. 도입 품목 유통으로 확보한 견조한 현금창출력이 차세대 신약 파이프라인과 R&D 전문 자회사에 대한 활발한 재투자로 이어지고 있어서다.
금융감독원 공시에 따르면 종근당의 올해 상반기 영업활동현금흐름은 256억 원을 기록하며 전년 동기(-303억 원) 대비 흑자 전환에 성공했다. 개선된 현금창출력을 바탕으로 투자활동 현금 소진도 지난해 상반기 571억 원에서 올 상반기 1114억 원으로 확대되며 미래 투자 기조를 입증했다.
현금은 차세대 R&D 및 자회사 설립으로 투입되고 있다. 종근당의 올해 상반기 연결 기준 R&D 집행액은 1135억 원으로 지난해 연간 총 R&D 비용(1858억 원)의 61.1%에 이르렀다.
매출액 대비 R&D 비중도 2024년 9.9%, 2025년 11.0%에서 올 상반기 12.3%까지 꾸준히 올라섰다. 신약 개발 자회사 ‘아첼라’(106억5800만 원)와 제형·DDS 플랫폼 자회사 ‘뉴라테온’(105억 원)에 총 212억 원의 현금 출자를 단행하며 연구개발 체계도 다각화했다.
이는 항체-약물 접합체(ADC) 신약 후보물질 ‘CKD-703’의 미국 임상 1·2a상 진입과 경구용 GLP-1 계열 후보물질 ‘CKD-514’ 등 글로벌 후기 임상 과제 추진과 직결된다. 파이프라인 고도화와 연구개발 다각화를 통해 확보한 R&D 동력이 중장기 기업가치 제고로 이어지는 선순환 구조를 다지고 있다는 평가다.
4분기 반등 열쇠는 ‘자사 제품·마일스톤’
종근당의 올 4분기 수익성 개선은 고마진 자사 의약품의 처방 회복과 마케팅비 절감이 좌우할 전망이다. 마진율이 높은 자사 제품 매출 비중이 올라가야 고정비 부담이 줄어들며 원가율이 개선되기 때문이다. 여기에 펙수클루·고덱스·위고비 등 신규 도입 품목 출시에 집중됐던 초기 마케팅 비용이 4분기부터 안정화 단계에 접어드는 점도 손익 개선을 기대하게 만드는 요인이다.
기술이전 파이프라인의 개발 단계 진전에 따른 추가 마일스톤(기술료) 유입 여부도 실적 모멘텀의 핵심 축이다. 종근당은 2023년 11월 글로벌 제약사 노바티스에 자체 개발한 희귀질환 및 심혈관 치료제 후보물질 ‘CKD-510’을 기술수출한 이후 지난해 5월 초기 마일스톤을 수령한 바 있다.
현재 노바티스는 해당 물질(개발명 PKN605)의 심방세동(AF) 적응증 글로벌 임상 2상을 진행 중이다. 임상 진전에 따라 순차적으로 인식될 추가 마일스톤은 별도 제조 원가가 발생하지 않는 고마진 영업이익으로 반영돼 수익성 개선 효과를 견인할 전망이다.
투자은행(IB) 업계 관계자는 “도입 품목 확대로 늘어난 판촉비와 원가율 압박은 대형 신규 약물 안착 과정에서 나타나는 일시적 진통”이라며 “외형 방어로 창출된 현금이 R&D 재투자로 이어지는 구조가 정착된 만큼, 4분기 자사 제품 마진 회복과 임상 마일스톤 호재가 맞물리면 실적 모멘텀과 밸류에이션 재평가가 동시에 이뤄질 수 있다”고 말했다.
정채윤 한국금융신문 기자 cy@fntimes.com

















![‘변신의 역설ʼ SKC 수익률이 코오롱인더 3분의 1 [정답은 TSR]](https://cfnimage.commutil.kr/phpwas/restmb_setimgmake.php?pp=006&w=69&h=45&m=5&simg=20261002233204084970dd55077bc212411124362.jpg&nmt=18)
![부채율 370% 엘앤에프…‘30년 신한맨ʼ CFO 승부수 [나는 CFO다]](https://cfnimage.commutil.kr/phpwas/restmb_setimgmake.php?pp=006&w=69&h=45&m=5&simg=20261002232324087680dd55077bc212411124362.jpg&nmt=18)
![강동구 '올림픽파크포레온' 26평, 5.9억 오른 28.9억원에 거래 [일일 신고가]](https://cfnimage.commutil.kr/phpwas/restmb_setimgmake.php?pp=006&w=69&h=45&m=5&simg=20260624115142011110dd55077bc212411124362.jpg&nmt=18)
![내부통제 부실 문제…올해도 증인석 서는 강호동 농협회장 [한눈에 보는 2026 국감 - 상호금융]](https://cfnimage.commutil.kr/phpwas/restmb_setimgmake.php?pp=006&w=69&h=45&m=5&simg=20261002225200086920dd55077bc212411124362.jpg&nmt=18)
![GA 보험판매전문회사 입법…18년 표류 끝 급물살 타나 [한눈에 보는 2026 국감 - GA]](https://cfnimage.commutil.kr/phpwas/restmb_setimgmake.php?pp=006&w=69&h=45&m=5&simg=20261002224522040250dd55077bc212411124362.jpg&nmt=18)
![[그래픽 뉴스] ‘순대’가 경제용어라고? 순(純)대외자산, 한국의 진짜 해외자산은 얼마일까?](https://cfnimage.commutil.kr/phpwas/restmb_setimgmake.php?pp=006&w=298&h=298&m=1&simg=202609021356075202de68fcbb3512411124362_0.jpg&nmt=18)
![[그래픽 뉴스] ISA 대개편! 나에게 유리한 계좌는?](https://cfnimage.commutil.kr/phpwas/restmb_setimgmake.php?pp=006&w=298&h=298&m=1&simg=202608041713155615de68fcbb3512411124362_0.jpg&nmt=18)
![[그래픽 뉴스] 미국 증시 새로운 키워드 'MANGOS'](https://cfnimage.commutil.kr/phpwas/restmb_setimgmake.php?pp=006&w=298&h=298&m=1&simg=202607291740382069de68fcbb3512411124362_0.jpg&nmt=18)

![[그래픽 뉴스] 은퇴후 30년 부모님 세대의 생존전략](https://cfnimage.commutil.kr/phpwas/restmb_setimgmake.php?pp=006&w=298&h=298&m=1&simg=202606301704439153de68fcbb3512411124362_0.jpg&nmt=18)


![[머니무브 2026] “지금 사도 될까?” 답이 안 보인다면…하반기 투자, 4명의 전문가에게 물어보세요](https://cfnimage.commutil.kr/phpwas/restmb_setimgmake.php?pp=006&w=89&h=45&m=1&simg=202609151044050355302a735e27af12411124362.jpg&nmt=18)
![[AD] ‘PBV 라인업 확장’ 기아, 9월 독일서 ‘PV7’ 첫 공개](https://cfnimage.commutil.kr/phpwas/restmb_setimgmake.php?pp=006&w=89&h=45&m=1&simg=2026083111010602815074925877361231180222.jpg&nmt=18)
![[AD] 제네시스, 럭셔리 경험 더한 ‘2027 GV70’‧‘GV70 그래파이트’ 출시](https://cfnimage.commutil.kr/phpwas/restmb_setimgmake.php?pp=006&w=89&h=45&m=1&simg=20260702143546085600749258773622211122717.jpg&nmt=18)



